追記情報
実はこの方法を回避する手順として、
epsに保存する時のメニュー内のオプションの中にある
「配置した画像を含む」のチェックを外し、
その後に出てくるメニューに「リンクを保持」を選んであげると、
eps保存したイラレデータにpsd形式の画像ファイルがリンク状態で保存されます。

ただ注意点として、psdデータに透明が使われていると
epsの制限としてpdfに白いスジが現れる可能性があるので、注意してください。
※検証に使用したものを一応確認したところ出ていませんでしたが、一応報告します。